该剧讲述了《海底小纵队第十一季》继续带领小朋友开启冒险。队员们深入海底、穿越丛林、探索极地，救助各类动物。在北极应对雷暴，助丽色凤头燕鸥回归；护草原犬鼠、熊猫等动物，处理海鼻涕、森林大火等问题；还探索洞穴、见证物种迁徙，传递环保、合作与勇气的理念，强化生态保护意识。
